Créez un environnement virtuel.
Installez-y flask
avec la commande :
pip install flask
Téléchargez la base de données ensembl_hs63_simple.sqlite, dont le schéma relationnel vous est donné ci-dessous :
Cette base est un sous-ensemble de la base de données Ensembl. Il s'agit d'une base de données d’annotations de génomes contenant des informations sur les gènes, leurs transcrits, ainsi que de nombreux autres renseignements comme la fonction des gènes ou encore les comparaisons entre plusieurs génomes.
Créez une application Flask répondant aux routes suivantes :
/
atlas_organism_part
de la table Expression
.
Chaque nom est un lien vers la liste de gènes correspondante
(cf. /parts/<part>/genes
ci-dessous)./parts/<part>/genes
Une page affichant les identifiants (ensembl_gene_id
)
et les noms (associated_gene_name
)
des gènes associées à cette partie d'organisme.
Notez que l'association se fait via la table Transcript
;
voici une requête SQL permettant de récupérer cette information⋅:
SELECT DISTINCT g.ensembl_gene_id, associated_gene_name
FROM Genes as g
NATURAL JOIN Transcripts as t
NATURAL JOIN Expression as e
WHERE atlas_organism_part = ?
ORDER BY g.ensembl_gene_id
L'identifiant et le nom de chaque gène doivent être des liens vers la fiche individuelle de ce gène
(cf. /genes/<id>
ci-dessous).
/genes/<id>
La fiche individuelle du gène ayant l'identifiant id
.
Elle doit contenir
Genes
,/parts/<part>/genes
correspondante.Utilisez les templates pour avoir une mise en page homogène sur toutes les pages du site, avec une feuille de style définie comme une ressource statique.
Vous pouvez augmenter votre site avec les routes suivantes.
/genes/<id>/edit
/transcripts/<id>
une fichie individuelle de transcrit, affichant :
Transcripts
,/genes/<id>
),