BDBIO : base de données pour la bioinformatique

Cet enseignement du Master Bioinfo a pour objectifs d’introduire les concepts principaux de la gestion de données ainsi que des modèles de données populaires (relationnel, XML, RDF, JSON) et de l'intégration de données. Voir la description de l'UE BDBIO sur le site des offres de formation (code APOGEE INF1151M).

Télécharger le document d'organisation de BDBIO (objectifs, planning, évaluation).

Transparents de cours

Séance Transparents de cours Autres ressources
CM1Introduction à la gestion de données
Modélisation conceptuelle (version sans animation)
Modélisation logique pour SGBD relationnels (version sans animation)
CM2Modélisation physique pour SGBD relationnels (version sans animation)
Bases du SQL (version sans animation)
SQL avancé (version sans animation)
CM3XML, XPath, et XQuery
CM4SGBD NoSQL, MongoDB et JSON
RDF et SPARQL
CM5Intégration de données

Sujets de TP et projet

Séance Sujet Autres ressources
TP1Modélisation relationnelle
TP2Requêtes SQLScript SQL du génome EBV
TP3XML, XPath et XQueryFichier XML du protéome EBV
TP4RDF et SPARQLFichier RDF du protéome humain
TP5 à TP8Projet - intégration de sources de données hétérogènesPrésentation sur le virus EBV

Sujets de TD

Séance Sujet
TD1Modélisation relationnelle
TD2Manipulation relationnelle (SQL)
TD3XML, XPath et XQuery
TD4RDF, SPARQL et JSON
TD5Intégration de données

Examens (annales)

Bibliographie

  1. [Not] Only SQL. Framabook, 2019. Vincent Lozano et Etienne Georges.
  2. Introduction aux bases de données. Vuibert, 2004. Chris J..
  3. Bases de données : de la modélisation au SQL. Ellipses, 2009. Audibert Laurent.
  4. Le Langage SQL : pratiques de base et concepts avancés. Ellipses, 2011. Baurand Frédéric.
  5. RDF database systems : triples storage and SPARQL query processing. Morgan Kaufmann, 2015. Curé, Olivier et Blin, Guillaume.
  6. Les bases de données NoSQL et le Big Data : comprendre et mettre en œuvre. Eyrolles, 2015. Rudy Bruchez.